اظهارات سرلشگر محمدعلی جعفری در جمع مسئولان بسیج دانشجویی یکصد دانشگاه ایران ایراد شد که در همایشی با عنوان "دانشجو، انتخابات، مشارکت حداکثری و اتحاد ملی" در دانشگاه تربیت معلم در تهران گردآمده بودند.
سرلشگر جعفری در این همایش به بسیجیان که بخشی از نفرات تحت امر او در سپاه پاسداران به شمار می روند رهنمودهایی در مورد نحوه فعالیتشان در قبال انتخابات آتی مجلس شورای اسلامی داد و گفت: "امروز مرزبندیهای سیاسی گذشته به هم ریخته است؛ به گونه ای که در هر مقطع از انتخابات شاهد تغییر و تحولات عمده ای در کشور هستیم، زمانی صحبت از چپ و راست، زمانی دیگر صحبت از جبهه ارزشی و غیرارزشی بوده و امروز می بینیم این تقسیمبندی، تقسیمبندی کاملتری و به جریانی به نام جریان اصولگرایی رسیده است که به نوعی می توان گفت انقلابی در انقلاب، توسط مردم و بسیجیها بود".
سرلشگر جعفری از جمله شماری از فرماندهان سپاه پاسداران بود که در جریان تظاهرات دانشجویی تابستان 1378 نامه شدیداللحنی به محمدخاتمی رئیس جمهور وقت نوشتند و هشدار دادند که اگر نا آرامی ادامه یابد، سپاه پاسداران مداخله خواهد کرد.
تغییر محتوای دروس علوم انسانی
فرمانده سپاه پاسداران در بخش دیگری از سخنانش در جمع مسئولان بسیج دانشجویی خواستار تغییر محتوای دروس علوم انسانی در دانشگاهها شد و گفت: "در علوم انسانی باید مبانی اسلامی و متناسب با فرهنگ بومی ایران تدریس شود، این محتوایی است که امروز در علوم انسانی در دانشگاههای کشور وجود ندارد، از این رو وظیفه شماست که در این راستا گامهای مؤثری بردارید و این نیاز انقلاب را برطرف کنید".